こんにちは
PCTの出願は受理官庁もしくは直接国際事務局に提出することになります。（PCT条約的にいうと、直接国際事務局に提出するときは国際事務局が受理官庁となります。）
受理官庁では出願を点検して問題があれば（出願要件を満たしていないなら）補充を求めます。要件を満たしていれば、出願が認められ国際出願日が認められます。
PCT条約の条文を見てみます。（PCT条約１３条は別に扱いますので飛ばします）
PCT条約引用開始
第十条 受理官庁
国際出願は、所定の受理官庁にするものとし、受理官庁は、この条約及び規則の定めるところにより、国際出願を点検し及び処理する。
第十一条
国際出願日及び国際出願の効果
（１） 受理官庁は、次の要件が受理の時に満たされていることを確認することを条件として、国際出願の受理の日を国際出願日として認める。
（ⅰ） 出願人が、当該受理官庁に国際出願をする資格を住所又は国籍上の理由により明らかに欠いている者でないこと。
（ⅱ） 国際出願が所定の言語で作成されていること。
（ⅲ） 国際出願に少なくとも次のものが含まれていること。
（ａ） 国際出願をする意思の表示
（ｂ） 少なくとも一の締約国の指定
（ｃ） 出願人の氏名又は名称の所定の表示
（ｄ） 明細書であると外見上認められる部分
（ｅ） 請求の範囲であると外見上認められる部分
（２）（ａ） 受理官庁は、国際出願が（１）に掲げる要件を受理の時に満たしていないと認める場合には、規則の定めるところにより、出願人に対し必要な補充をすることを求める。
（ｂ） 受理官庁は、出願人が規則の定めるところにより（ａ）の求めに応ずる場合には、当該補充の受理の日を国際出願日として認める。
（３） 第六十四条（４）の規定に従うことを条件として、（１）（ⅰ）から（ⅲ）までに掲げる要件を満たし、かつ、国際出願日の認められる国際出願は、国際出願日から各指定国における正規の国内出願の効果を有するものとし、国際出願日は、各指定国における実際の出願日とみなす。
（４） （１）（ⅰ）から（ⅲ）までに掲げる要件を満たす国際出願は、工業所有権の保護に関するパリ条約にいう正規の国内出願とする。
第十二条 国際出願の国際事務局及び国際調査機関への送付
（１） 規則の定めるところにより、国際出願の一通（「受理官庁用写し」）は受理官庁が保持し、一通（「記録原本」）は国際事務局に送付され、他の一通（「調査用写し」）は第十六条に規定する管轄国際調査機関に送付される。
（２） 記録原本は、国際出願の正本とする。
（３） 国際事務局が所定の期間内に記録原本を受理しなかつた場合には、国際出願は、取り下げられたものとみなす。
第十三条 今回はスキップ
第十四条 国際出願の欠陥
（１）（ａ） 受理官庁は、国際出願に次のいずれかの欠陥が含まれていないかどうかを点検する。
（ⅰ） 規則の定めるところによる署名がないこと。
（ⅱ） 出願人に関する所定の記載がないこと。
（ⅲ） 発明の名称の記載がないこと。
（ⅳ） 要約が含まれていないこと。
（ⅴ） 所定の様式上の要件が規則に定める程度にまで満たされていないこと。
（ｂ） 受理官庁は、（ａ）のいずれかの欠陥を発見した場合には、出願人に対し所定の期間内に国際出願の補充をすることを求める。補充をしなかつた場合には、その国際出願は、取り下げられたものとみなし、受理官庁は、その旨を宣言する。
（２） 国際出願が実際にはその国際出願に含まれていない図面に言及している場合には、受理官庁は、出願人にその旨を通知するものとし、出願人は、所定の期間内にその図面を提出することができる。出願人が所定の期間内にその図面を提出した場合には、受理官庁がその図面を受理した日を国際出願日とする。その他の場合には、その図面への言及は、ないものとみなす。
（３）（ａ） 第三条（４）（ⅳ）にいう所定の手数料が所定の期間内に又はいずれの指定国についても第四条（２）にいう所定の手数料が所定の期間内に支払われていないと受理官庁が認めた場合には、国際出願は、取り下げられたものとみなし、受理官庁は、その旨を宣言する。
（ｂ） 第四条（２）にいう所定の手数料が所定の期間内に一又は二以上の指定国について支払われているがすべての指定国については支払われていないと受理官庁が認めた場合には、その手数料が所定の期間内に支払われていない指定国の指定は、取り下げられたものとみなし、受理官庁は、その旨を宣言する。
（４） 受理官庁が、国際出願日を認めた後所定の期間内に、当該国際出願が第十一条（１）（ⅰ）から（ⅲ）までに掲げるいずれかの要件をその国際出願日において満たしていなかつたと認定した場合には、当該国際出願は、取り下げられたものとみなし、受理官庁は、その旨を宣言する。
--------------- PCT条約 引用ここまで ------------
なお日本国特許庁を受理官庁とする場合は国際出願法に従うことになります。
国際事務局への直接出願についてWIPOの説明があります。
